Зимой 1933 года (13 февраля) во время испытательного перелета из Москвы в Петропавловск-Камчатский летчик задремал и попал аварию на берегу Байкала.
«Врачи обнаружили ряд рваных ран на голове, из которых четыре были весьма серьезными, перелом нижней челюсти в области подбородка, семь выбитых зубов и большую рану на подбородке. Надбровные дуги были порезаны, видимо, очками, разбитыми во время аварии. Обе брови глубоко рассечены. Еще глубже была рана на переносице», — рассказывал Водопьянов. Его бортмеханик Серегин погиб в той аварии.
Первым обнаружил падение самолета путевой обходчик Гавриил Дмитриевич Макеко. Обходя ночью свой участок, он услышал гул, затем сильный удар и треск. Вернувшись на станцию, он доложил начальству и вместе с уполномоченным ГПУ Антипиным, заведующим конным обозом Старовойтовым отправился по направлению предполагаемой аварии. Вскоре они обнаружили обломки самолета (это было уже утро), осмотрели всё, нашли еле живого летчика и мёртвого механика. Они оказали помощь лётчику, сходили за подводами и доставили тело Серёгина и раненого Водопьянова на станцию.
В 1960 г. Макеко был в Москве, где встречался с Водопьяновым. Михаил Васильевич подарил Макеко свою книгу «Москва – мыс Шмидта» с подписью: «Макеко Гаврилу Дмитриевичу, человеку, который первым оказал мне помощь при катастрофе на оз. Байкал. 24 ноября 1960 года. г. Москва. Водопьянов». Книга хранится в архиве историко-краеведческого музея им. И.В. Бабушкина.
После выздоровления в марте-апреле 1934 года Водопьянов участвовал в спасении экипажа парохода «Челюскин». Все семеро летчиков, участвовавших в спасении челюскинцев со льдины (в их числе и Водопьянов), стали первыми Героями Советского Союза.