Выселок Посольского монастыря Мысовский на месте нынешнего города основан предположительно между 1760 и 1765 годами. Здесь начинался Удунгинский тракт через Хамар-Дабан, построенный кяхтинскими купцами для перевозки товаров из Китая. Ими же построена пристань на Байкале. По Кругоморскому тракту через Мысовую проходили этапы каторжников на Нерчинск и Акатуй.
В 1892 году у Мысовского выселка была основана почтовая станция и местное купечество начало ходатайствовать о присвоении выселку статуса города.
В 1900 году была основана железнодорожная станция Мысовая. До постройки Кругобайкальской железной дороги пристань Мысовой принимала паромы с поездами с западного берега Байкала.
31 мая 1902 года Высочайшим повелением посёлок при станции Мысовой получил статус безуездного города Забайкальской области и официальное название — Мысовс
Во время русско-японской войны в городе работал Смоленский лазарет Красного Креста на 200 мест
В период революции 1905—1907 годов Мысовск был одним из центров революционного движения в Забайкалье. 18 января 1906 года здесь были расстреляны карателями генерала Меллер-Закомельского шестеро революционеров, в том числе И. В. Бабушкин.
В январе 1914 года в Верхнеудинске состоялся съезд кооператоров западного Забайкалья, на котором было создано Прибайкальское торгово-промышленное товарищество кооперативов «Прибайкалсоюз». После этого кооперативные общества потребителей «Экономия» возникли в городах Троицкосавске, Мысовске, Баргузине
До 1927 года город входил в Иркутский округ Иркутской губернии. 6 июня 1925 года город преобразован в рабочий посёлок. С 15 марта 1927 года Мысовск вошёл в состав Бурят-Монгольской АССР, с сентября того же года — в состав вновь образованного Кабанского района БМ АССР.
В 1931 году в Мысовске начала работать судостроительная верфь Восточно-Сибирского рыбного треста.
18 января 1941 года Указом Президиума Верховного Совета РСФСР Мысовск вновь обрёл статус города (уже республиканского подчинения) и был переименован в Бабушкин, в честь профессионального революционера И. В. Бабушкина, расстрелянного на станции Мысовой в 1906 году.
В 1959 году город Бабушкин утратил статус города республиканского подчинения.
13 января 1965 года город Бабушкин, пгт Выдрино, Селенгинск, Каменск и Танхой, а также Посольский сельсовет переданы из Прибайкальского района в Кабанский район